Expert en bactériologie et mise en application dans le cadre de la pollution pétrolière

Mots-clefs : Intégron, éléments génétiques mobiles, microbiologie, génome, transcriptome, métagénome, métatranscriptome, pétrole
Disponibilité géographique : International
Lionel Huang Lionel Huang


Expertises majeures (et disponibles en prestation)

PCR (Polymerase Chain Reaction)

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Ces techniques ont permis d’isoler des gènes appartenant aux éléments génétiques mobiles chez des bactéries provenant de sédiments côtiers pollués par du pétrole.

  • Thermocycleur ;
  • enzymes

Clonage

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Le clonage permet de cribler les éléments génétiques mobiles obtenus (cassettes de gènes d’intégrons) afin de les séparer, et de pouvoir cribler la banque afin d’en dégager les gènes qui ont été mo…

  • Kit Topo InVitroGen ;
  • kit T-Easy Promega

Analyse de séquences

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L’analyse des séquences a permis d’estimer la diversité d’intégrons (éléments génétiques mobiles) présente dans les échantillons, et de suivre cette diversité au cours de la pollution pendant 9 moi…

  • Sequencher ;
  • BioEdit ;
  • Clustal ;
  • Dotur ;
  • Mega ;
  • etc.

Dot-blot

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Les techniques d’hybridation ont permis d’observer l’activité du gène responsable de la mobilité des cassettes de gènes. Cette activité étant trop faible pour être visible par RT-PCR dans un métatr…

chambre noire, salle spécifique manipulation de produits radioactifs, scanner à fluorescence

Northen-blot

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Les techniques d’hybridation ont permis d’observer l’activité du gène responsable de la mobilité des cassettes de gènes. Cette activité étant trop faible pour être visible par RT-PCR dans un métatr…

chambre noire, salle spécifique manipulation de produits radioactifs, scanner à fluorescence

Southern-blot

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Les techniques d’hybridation ont permis d’observer l’activité du gène responsable de la mobilité des cassettes de gènes. Cette activité étant trop faible pour être visible par RT-PCR dans un métatr…

chambre noire, salle spécifique manipulation de produits radioactifs, scanner à fluorescence

Hybridation sur colonie

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L’hybridation sur colonie permettait de savoir quel colonie de clone portait la séquence d’intérêt après PCR sur un métagénome (la diversité des gènes amplifiés peut-être très grande en fonction de…

Technologie(s) utilisée(s) non-renseignée(s)

Reverse Transcription PCR (RT-PCR)

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La RT-PCR a permis de voir en présence ou non de pétrole dans une population microbienne dans quelle condition certains gènes s’exprimaient.

  • Thermocycleur ;
  • Enzymes ;

Real-Time qPCR

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Après étude de la diversité des intégrons à différents stade d’une pollution pétrolière, une étude par PCR quantitative a permis de quantifier ces éléments génétiques au sein de la communauté micro…

  • Thermocycleur pour PCR quantitative ;
  • Enzymes.

Culture bactéries en condition aérobie

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Afin de développer la technique qui permettant d’isoler les gènes ayant été mobilisé en dernier dans les intégrons d’un métagénome, il a d’abord fallu travaillé sur une souche bactérienne possédant…

  • Verrerie ;
  • bec bunsen ou hôte à flux laminaire.

PCR métagénome

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  • Prélèvement in situ dans l’environnement;
  • Extraction ADN total.

Thermocycleur, enzymes

Extraction d'acides nucléiques - ADN

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Extraction de l’ADN total d’échantillons de sédiments côtiers soumis à une pollution pétrolière.

Kit optimisés pour le métagénome


Autres compétences




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